脑血栓的用药治疗包括急性期的溶栓治疗、抗血小板聚集治疗和脑保护治疗。
溶栓治疗常用药物有两种，第一种就是尿激酶，患者发病时间在6h之内，有明确的脑功能障碍症状，且排除由于脑出血造成的脑功能障碍，没有严重的出血倾向，可以选择应用尿激酶溶栓治疗，需溶解于生理盐水之内。另外一种溶栓药叫阿替普酶，患者发病在3h之内，有明确的脑功能损伤症状，并且排除是由于脑出血造成的脑功能损伤，没有严重的出血倾向，可以选择用阿替普酶。
抗血小板聚集治疗建议在没有选择溶栓治疗的患者，48h之内就开始应用阿司匹林或者是硫酸氢氯吡格雷。患者在恢复期以及以后长期预防血栓的形成，降低再次发生脑梗死的治疗，也建议长期应用抗血小板聚集药治疗。脑保护治疗一般是在脑梗死的急性期，患者脑细胞受损伤，应用清除自由基，改善脑细胞代谢的药物，进行保护脑细胞，尽最大程度降低脑功能损伤，并且帮助脑细胞的恢复。
