扁平疣遗留的色素沉着可以外用药，也可以配合口服药治疗，如果严重，还可以配合做激光治疗。常用的外用药有多磺酸粘多糖乳膏或是积雪苷霜软膏或者是氢醌乳膏，或者是复方熊果苷乳膏，选择其中一种外用药就可以。
因为色素沉着的治疗时间可能稍微长，一般需要外用3个月左右，可以每天晚上或者是早晚各用一次。还可以配合口服药，比如常用有维生素E软胶囊。如果外用和口服药效果还是不好，还可以配合做激光治疗，也就是强脉冲光。常用的强脉冲光有光子嫩肤，还有其他的调Q激光或者是皮秒激光，也有一定的效果。
但是除了做激光或者是外用口服药物之外，还要注意平时生活上注意防晒，要注意严格防范。因为色素沉着形成的原因，其中紫外线也是很重要的诱发因素。饮食上注意清淡，辛辣刺激性的饮食注意少吃。平时还要注意休息好，增强抵抗力。如果休息不好，没有充足的睡眠可能也会加重色素沉着。
