消化性溃疡病只发生于与胃酸及胃蛋白酶接触的部位，可发生于食管下端、胃、十二指肠、胃肠吻合口及麦克尔憩室，最多见的是胃及十二指肠溃疡。胃溃疡多发生于胃小弯，尤其是胃角，也可见于胃窦或高位胃体，胃大弯和胃底较少见。

在组织学上，胃溃疡常发生于胃窦幽门腺和胃体、胃底腺，以及移行交界处的幽门腺区侧，随着年龄增大，幽门腺区侧沿胃小弯向胃的近端上移扩大。

十二指肠溃疡主要见于十二指肠起始部2cm以内，即十二指肠球部前壁最多，占50%；其次为后壁，占23%；再次为下壁，占22%；上壁最少，占5%。

大多数患者只发生单个胃溃疡或单个十二指肠溃疡，单个溃疡可以保持很久的时间，不因病程的延长而增多。多发性溃疡只见于小部分患者，可表现为一个较大的溃疡并发一个或多个小溃疡，15%的十二指肠溃疡和5%的胃溃疡为多发性溃疡。

若十二指肠前壁及后壁同时发生溃疡，则称为复合溃疡，即胃十二指肠同时存在的溃疡，多发生于吸烟男性、服用非甾体类抗炎药和患有胃部肿瘤的人群，此类患者愈合时间长，病程更加复杂。

在多发性溃疡中，各溃疡活动度不同，一般胃溃疡是活动性溃疡，十二指肠溃疡常是不活动性或处于愈合状态。