非淋性尿道炎的症状主要有尿频、尿急、尿痛等尿路刺激征。不同部位的症状也不完全相同。
如果是膀胱炎，可以有急性单纯性的膀胱炎和反复发作的膀胱炎。除了尿路刺激征以外，还可以有耻骨上方的疼痛或者压痛，部分的可以出现排尿困难、尿液浑浊，一般没有全身症状。
如果是肾盂肾炎，也有急性和慢性之分。如果是急性期，会有全身症状，比如发热、寒战、头痛、全身酸痛、恶心、呕吐。体温多在38℃以上。另外，也会出现泌尿系的症状，比如尿路刺激征、排尿困难、腰痛，腰痛多为钝痛或者是酸痛，体检时可以出现肾区的叩击痛。
慢性肾盂肾炎的临床表现非常不典型，有时候往往就是一种无症状性的菌尿，可有不同程度的低热间断性的尿频、排尿困难等。
