新生儿肩膀上有黑毛，一般属于正常现象，也可能与母体内激素水平异常有关，还可能与毛增多症等情况有关，建议及时咨询医生是否需要治疗。

1、正常现象：可能是在怀孕后期在母体中形成，临床上称为胎毛。大多数足月出生的新生儿都会有胎毛，胎毛一般会出现在新生儿身体的特定部位，包括肩部、背部、耳朵等部位。一般会在新生儿出生后一周至六个月不等的时间开始脱落，因此通常无需进行特殊处理。随着年龄增加即可逐渐消退，新生儿的皮肤也会逐渐变得光滑。但应做好局部的卫生护理，及时用温水擦洗，并勤换洗衣物。

2、母体内激素水平异常：如果怀孕时母亲体内激素水平比较高，可能会影响婴儿的激素水平，导致胎毛比较浓密。通常随着出生后规律喂养以及新陈代谢，婴儿体内激素水平逐渐恢复正常，胎毛也可逐渐脱落。

3、毛增多症：病因较复杂，可能与种族、遗传、内分泌功能紊乱或局限性疾病、局部用药或刺激有关。毛发特别是毳毛异常过度生长，超出正常界限，表现为体表任何部位的毛密度增加，长得较长，也会变粗及变黑。需去医院定期剪发或激光破坏毛囊达到治疗效果，家长不要自行拔除或剃除婴儿身上的黑毛，以免对毛囊造成损害。

除以上情况外，如果出生六个月以后，肩膀上的黑毛仍然没有消失，反而变黑变长，同时皮肤有颜色改变、破损等，则考虑可能为黑色素细胞痣、黑色素瘤等疾病，建议及时带其就医明确诊断，并遵医嘱通过激光、冷冻等方式，或手术的方式将其切除。