咽峡炎的并发症包括脑干脑炎、无菌性脑膜炎、心肌炎、坏死性口炎。
1、脑干脑炎：疱疹性咽峡炎病毒感染引起严重的中枢神经感染，主要表现为共济失调、意识障碍；全身症状可有发热、恶心呕吐、食欲减退等。
2、无菌性脑膜炎：由除细菌或真菌以外的致病因子所致的脑膜炎症，主要表现为头痛、发热及脑膜刺激症状。
3、心肌炎：疱疹性咽峡炎多由肠道病毒、柯萨奇病毒感染引起，而科萨奇病毒又是病毒性心肌炎的常见致病原，主要表现为发热、肌肉酸痛、恶心呕吐；严重时可出现心悸、胸闷、胸痛等。
4、坏死性口炎：樊尚咽峡炎的常见致病菌为梭形杆菌及樊尚螺旋体，而坏死性口炎多由奋森氏螺旋体和厌氧菌梭形杆菌引起，且多为3-12岁且抵抗力低下的儿童；主要表现为唇、颊黏膜局部坏死，覆有灰黑色假膜，周围黏膜充血，可伴有低热、颌下淋巴结肿大。
