根据与宿主的关系不同，根据细菌作用，肠道里的细菌分为共生菌、条件致病菌和病原菌三类。各种菌群相互制约、平衡，对维护人体健康、促进人体正常发育起着至关重要的作用。

1、共生菌：也称为有益菌，包括乳酸菌、双歧杆菌等，有助于维持肠道菌群的平衡，提供人体所需的营养物质，促进食物消化和营养吸收，并对免疫系统有良好的调节作用

2、条件致病菌：包括大肠杆菌、球菌等。正常情况下，对肠道健康没有明显的影响。但当机体免疫力下降或肠道菌群失衡时，中性菌可能产生病原性，引发肠道感染或其他疾病。

3、病原菌：包括沙门氏菌、金黄色葡萄球菌等，具有明确的致病性，可以引发肠道感染、食物中毒等疾病。

此外肠道里的细菌还可以按照对氧气的需求不同，分为需氧菌、专性厌氧菌和兼性厌氧菌三类，其中主要是厌氧菌。