黑色尿若是由药物引起，则可进行停药或换药处理即可。若是有一些严重疾病导致，则需要针对病因进行治疗。
一、家庭处理
如果是由左旋多巴、甲酚等药物引起的黑色尿，患者可在医生指导下更换药物或停止服药，进行适当的休息症状可慢慢缓解。
二、到院治疗原发病
1、恶性疟疾：疟疾的治疗以早期、足量、足疗程、联合、彻底治疗为原则。联合彻底治疗很有必要，患者初发病轻症者用青蒿琥酯注射剂治疗症状好转后需联合口服药物彻底治疗；或青蒿琥酯注射剂联合蒿甲醚注射剂治疗；或青蒿琥酯注射剂和蒿甲醚注射剂再联合口服药物治疗；恶性患者必要时需要静脉滴注硫酸奎宁治疗，联合彻底用药治疗才能完全杀灭体内的疟原虫，对预防降低患者的复发率和患者的预后至关重要。
2、尿黑酸症：尿黑酸症目前无特效的治疗方法，目前一般通过禁止近亲结婚，或产前进行咨询等进行预防。
3、恶性黑色素瘤：恶性黑色素瘤患者建议根据结合其自身情况进行化疗、放疗以及手术治疗。
