牙颌畸形可能是由遗传因素、先天环境因素、后天环境因素等引起的。
1、遗传因素：Crouzon综合征、Apert综合征、Saethre-Chotzen综合征等颅面综合征均为常染色体显性遗传病。
2、先天环境因素：主要包括母体因素、胎儿因素和常见发育障碍和缺陷。如母体营养不良、代谢失调、接受辐射、妊娠初期患病、胎儿胎位异常等。
3、后天环境因素：包括全身疾病、口腔及周围器官功能因素、口腔不良习惯、乳牙期及替牙期局部障碍以及其它局部因素。
（1）全身疾病：儿童生长发育期间，如麻疹、水痘、猩红热、结核病等慢性长期消耗性疾病可影响颌面的生长发育；内分泌异常代谢等也可影响颌面发育。
（2）口腔及周围器官功能因素：婴幼儿喂奶姿势不正确、橡皮奶头、大小不适等使口腔长期不使用或功能异常，可能会导致颌面部发育畸形等。
（3）口腔不良习惯：儿童吮指、吐舌、咬上下唇、偏侧咀嚼等不良习惯，均可阻碍正常的颜面部生长发育。
（4）乳牙期及替牙期局部障碍：乳牙列数目、形态及替换异常，均会影响恒牙列的生长发育。
（5）生物节律紊乱：最新研究发现，生物钟通过睡眠、褪黑素及生物钟基因三方面引起骨发育异常。
