小儿甲状腺功能亢进的病因复杂，可能与自身免疫、感染、化学或物理性的损伤有关，也可能是由于遗传因素、基因多态性因素等引起。

1、由于自身免疫、感染、化学或物理性的损伤，导致甲状腺激素释放增加，如自身免疫性甲状腺病(AITD）的Graves 病、自身免疫性甲状腺炎等由此引起。

2、遗传因素，因为本病有显著的遗传倾向，单卵孪生子发病率为30%-35%，双卵孪生子发病率为2%-5%。有家族发病的倾向。

3、基因多态性因素，如HLA、CTLA4、PTPN22、CD40、IL-2R等基因的多态性的内部因素，均可发生甲状腺功能亢进症。

4、母体的甲状腺刺激性抗体（TSAb)可以透过胎盘，刺激胎儿的甲状腺引起胎儿或新生儿甲状腺功能亢进症。

5、其他病因：如细菌感染、性激素、应激等环境因素参与影响该疾病。