休止期脱发需要与生长期脱发、弥漫性斑秃、雄激素源性秃发等疾病鉴别。
1、生长期脱发：常因为服用抗肿瘤药物、免疫抑制剂，接触化学毒物等导致头发急性脱落，脱落脱发可占头发总量一半以上。结合病史及皮肤活检或毒物学检查即可诊断该病，并与休止期脱发相鉴别。
2、弥漫性斑秃：同样的可发生于任何年龄，青壮年多见，但弥漫性斑秃脱发呈圆形或卵圆形，无瘢痕形成。而休止期脱发呈弥漫性脱发，无任何形状形成。其头皮病理切片可见毛发发育不良与休止期脱发相鉴别。
3、雄激素源性秃发：好发于青壮年人群，会表现出头屑增多、头皮油腻、瘙痒等症状，与休止期脱发的可逐渐恢复的脱发不同，其脱发是永久性脱发。可通过日常观察进行相关鉴别。
