在第5周初，心脏外形的建立已初步完成，但内部的分隔尚不完全。心脏各部的分隔同时进行，于第7周末完成，其分隔具体如下：

1、房室管的分隔：随着心房和心室之间的房室沟逐渐加深，相应的心腔也形成一狭窄的管道，称房室管。第4周，房室管的背侧壁和腹侧壁正中的心内膜组织增厚，分别形成背、腹心内膜垫。

二者彼此相对生长，向中央靠拢，至第6周时相互愈合，将房室管分隔为左、右房室管。围绕房室孔的间充质局部增生并向腔内隆起，演变成二尖瓣和三尖瓣。

2、心房的分隔：在心内膜垫发生的同时，于心房头端背侧壁的正中线处发生一个薄的半月形薄膜，称第一房间隔。其向心内膜垫方向生长，游离缘与心内膜垫之间暂时留一孔，称第一房间孔。

第一房间隔继续增长，隔的上部中央变薄出现若干小孔，逐渐融合成一孔，称第二房间孔。心内膜垫组织向上凸起并与第一房间隔游离缘融合，第一房间孔封闭。第5周末，在第一房间隔右侧，从心房的头方腹侧壁再长出一较厚的新月形隔，称第二房间隔。

此隔下缘呈弧形，渐向心内膜垫方向生长，覆盖了第二房间孔，当其前、后缘与心内膜垫接触时，下方留有一卵圆孔。

卵圆孔的位置比第二房间孔稍低，两孔交错重叠。第一房间隔在左侧下方覆盖卵圆孔，薄而软的第一房间隔相当于瓣膜，称卵圆孔瓣。出生前，由于肺循环不行使功能，左心房压力低于右心房，右心房的血液可经卵圆孔流入左心房，反之则不能。

出生后，肺循环开始，左心房压力增大，致使两个隔紧贴并逐渐融合，卵圆孔关闭形成一个完整的房间隔，左、右心房完全分隔。

3、心室的分隔：人胚第4周末，于心尖处心室底壁组织向上凸起形成一个较厚的半月形的肌性隔膜，称室间隔肌部。此隔向心内膜垫方向生长，游离缘凹陷与心内膜垫之间留有一半月状孔，称室间孔。

第7周末，由于心球内部形成左、右心球嵴，彼此对向生长、融合，并向下延伸，分别与肌性隔的前缘和后缘融合，关闭了室间孔上部的大部分；同时，心内膜垫的间充质增生、室间隔肌部上缘向上生长，与心球嵴愈合形成室间隔膜部。

至此，室间孔封闭，左、右心室完全分隔。

4、心球与动脉干的分隔：第5周，心球和动脉干的内膜组织局部增生，形成一对心球嵴和动脉干嵴。相应的嵴对向生长，在中线融合，形成螺旋状走行的隔，称主动脉肺动脉隔，将心球和动脉干分隔成相互缠绕的主动脉和肺动脉。

主动脉和肺动脉起始处的内膜组织向腔内增生，各形成三个薄片状隆起，逐渐演变为半月瓣。室间孔封闭后，肺动脉干与右心室相通，主动脉与左心室相通。

5、静脉窦的演变和永久性左、右心房的生成：静脉位于原始心房尾端的背面，窦的左、右角分别与同侧的总主静脉、脐静脉和卵黄静脉相连。起初，静脉窦开口于心房的中央部两个角是对称的，后因血液多经右角回流心脏，右角逐渐扩大，窦房口逐渐移向右侧。窦左角逐渐退化萎缩，近侧段成为冠状窦，远侧段成为左心房斜静脉的根部。

第7-8周，原始右心房扩展很快，静脉窦右角被吸收并入右心房，形成永久性右心房固有部(平滑部)。原始右心房则变为右心耳(粗糙部)。

原始左心房最初只有一条原始肺静脉通入。此静脉分出左、右属支，再各分为2支。以后由于左心房扩大，逐渐把原始肺静脉根部及左、右属支吸收并入左心房，使4条肺静脉直接开口于左心房。肺静脉及其属支参与形成永久性左心房固有部(平滑部)，原始的左心房则成为左心耳(粗糙部)。