肠道包含多种需氧菌、厌氧菌、兼性厌氧菌，微生态菌群可分为原籍菌或膜菌群、共生菌和外籍菌。

1、原籍菌或膜菌群：为专性厌氧菌，是肠道优势菌群，通常定植在肠道黏膜表面的深部，一般较稳定，是对宿主健康有益的细菌，具有低免疫原性，如类杆菌、双歧杆菌、乳杆菌等；

2、共生菌：为肠道非优势菌群，与原籍菌有共生关系，与外籍菌有拮抗关系的生理性细菌，一般无传染性，如芽胞菌属等；

3、外籍菌：又称过路菌，大多数是病原菌，常为需氧菌或兼性厌氧菌，具有高免疫原性的，为肠腔黏膜中表层菌群，可以游动，长期定植的机会少。

参考资料：[1]陈灏珠，林果为，王吉耀.实用内科学（下册）.第14版[M].北京.人民卫生出版社.2013.