北京协和医院感染科作为医院最早成立的科室之一，在老一辈传染病专家的引领传承下，历经岁月洗礼。历届主任李邦琦、王爱霞、盛瑞媛、邓国华、李太生等勇挑重担，以我国传染病和感染性疾病的防控为使命，携手全体科室成员勠力同心，在不同时期的感染性疾病尤其是传染病的诊治与控制工作中，发挥了举足轻重的作用。目前北京协和医院感染科已成为国内一家集医疗、科研、预防和人才培养于一体的国家级传染病的医疗诊治、医学教育和医学研究中心。北京协和医院感染科是感染性疾病博士学位授予点、卫生部临床重点学科、国家级感染性疾病继续教育基地、国家级传染病药物临床试验基地和国家级艾滋病综合防治示范区培训基地。自2018年至今，在复旦大学医院管理研究所最佳专科声誉排行榜排名第三。
我科现有床位38张，员工39人，含医师19人，实验室科研和技术人员4人，护士16人；其中正高职称7名，副高职称7名。学科定位于综合医院感染科，核心临床专业包括疑难危重感染病诊治、不明原因发热、艾滋病及机会性感染诊治、抗生素合理使用及院感防控、淋巴细胞免疫亚群检测平台应用和免疫低下人群感染的诊治等。开设了感染科普通门诊、特需门诊，以及肝炎门诊，2011年起开设了热病门诊、免疫功能低下门诊、结核/非结核分枝杆菌感染门诊等专病门诊。目前年门诊量约48,000人次，年收治病人数约为600-800人次。
感染科坚持以临床问题为导向的科技创新，在艾滋病多学科综合诊治体系建立与推广，免疫功能评估平台建设、疑难特色疾病“不明原因发热”诊疗模式建立、“四位一体”的实时抗生素管理、免疫虚损人群结核风险评估与预防方面，取得了丰硕的成果。承担十余项国家级、省部级课题，发表高水平研究论文数百篇，牵头制订多部临床指南和专家共识，在感染性疾病诊治和防控等领域发挥了良好的引领作用。尤其是李太生主任等牵头发布《中国艾滋病诊疗指南》，迄今已更新5版，全国巡讲200余场，为我国艾滋病综合诊疗水平的提升发挥了关键推动作用。科室自成立以来，10次获协和医院医疗成果一等奖，12次获得国家和省部级科技进步奖。
科室成员在全国学会和北京学会中担任主任委员、会长、副主任委员、常委等多项重要职务，包括中华医学会感染病学分会、热带病寄生虫分会、临床流行病学和循证医学分会，中国医院协会医院感染专业委员会，中国研究型医院学会感染性疾病循证与转化专业委员会，中国人体健康科技促进会免疫缺陷监测与转化专业委员会，以及北京医学会感染病学分会、肝病分会、临床流行病学分会和循证医学分会，北京医师协会感染病分会，北京药理学会抗微生物学分会等。
