上海交通大学医学院附属第九人民医院消化内科是集医疗、教学和科研为一体的综合性三级甲等教学医院的专业科室，建立于1970年（大内科消化组），历任科主任禇丞祎、朱舜时、刘海林、孟祥军，现任科主任王东。
2014年11月上海第三人民医院整建制并入第九人民医院后，消化内科分为南北两部，每部均具备完善的诊断和治疗体系。现有消化内科医师31人（含退休返聘3人），其中主任医师4人，研究员1人，副主任医师9人，主治医生13人，专职科研副研究员1人，博士学历占75%以上。南北两院区消化内科开放床位合计79张，年住院人数近7000人次。消化科病区病种广泛，包括消化道出血、肝硬化及其并发症、消化道肿瘤、炎症性肠病、急性胰腺炎等常见病、危重病，以及消化道息肉及早癌、粘膜下肿瘤、贲门失弛缓、胆管结石、胆胰肿瘤、慢性胰腺炎等各类三四级消化内镜手术操作。周一至周六均设有普通和专家门诊，年门诊量约18万人次。
数十年来，在历任科主任不懈努力下，九院消化内科已逐步开展各项诊疗项目。目前消化科内镜中心配备有先进的电子胃肠镜、十二指肠镜、小肠镜、超声内镜、共聚焦显微内镜、细胞内镜、磁控胶囊内镜等，开展全种类消化内镜下微创诊疗项目，包括胃肠镜检查，超声内镜（EUS）诊疗，消化道异物取出术，消化道出血内镜止血术，消化道狭窄扩张与支架植入术，肠梗阻导管植入术，经皮内镜胃造瘘术，内镜下静脉曲张治疗术，内镜下内痔治疗术，胃肠息肉及早期胃肠癌内镜下切除术（EMR及ESD），黏膜下肿瘤挖除术（ESE），经内镜逆行胰胆管造影术（ERCP），超声内镜引导下诊疗等，部分技术水平达到国内领先水平，年内镜量约3万人次，年内镜三四级手术近600人次。消化内科针对脂肪肝等慢性肝病的队列研究水平居于国内前列，开展对肝纤维化和脂肪肝程度进行无创肝脏硬度定量检测。此外，胃肠道运动功能检测、小肠菌群检测及粪菌移植技术等也都是消化内科的重点开展项目。
在孟祥军教授牵头下，九院消化内科于2020年成立上海交通大学消化疾病研究与临床转化中心，2022年成立上海市消化道微生态及相关重大疾病研究重点实验室，并于2024年末正式通过上海市科委验收，形成临床、内镜、实验室三位一体的科学布局。实验室与复旦大学肿瘤研究所、上海交通大学化学院、法国国家卫生研究院、法国斯特拉斯堡大学等国内外著名研究机构具有合作关系，面向消化道微生物科学前沿问题及医学转化重大需求，聚焦消化系统肿瘤的基础研究及临床转化，实现造福病患的目的。近年来消化内科先后有多人获得各级别人才支撑项目，包括国家自然科学基金、上海市东方英才青年项目、上海市启明星培育扬帆专项、浦江人才项目、国家留学基金管理委员会国家公派访问学者项目等，并作为第一通讯单位先后于Journal of Hepatology和JAMA Network Open发表2篇高分国际多中心研究论文。
消化内科是上海交通大学医学院博士硕士研究生培养点，目前有博士生导师3人，硕士生导师2人，历年来已培养10余位博士及硕士研究生。承担着上海交通大学口腔医学院、九院临床医学院、医学生物工程专业、成人夜大等大量的教学任务，先后有5人荣获上海医药医学教育奖。
