上海交通大学医学院附属第九人民医院病理科成立于1959年，是上海市较早开展病理检查的科室之一。首任主任为罗汉兰医师，其后历任科主任分别为刘嫒茹（1967）、韩忠镕（1982）、束木娟（1996）、林梅绥（1998）、束木娟（2009）、王萍（2010）、朱延波（2015）和季天海（2018）。经过60多年发展，病理科已成为上海交通大学医学院临床病理学硕士和博士授予点、博士后流动站，国家住院医师规范化培训临床病理科基地，上海市专科医师规范化培训临床病理科基地。
病理科现有各类工作人员42人，包括医生、技术、研究及辅助系列等，形成了以眼与头颈系统、骨与软组织、皮肤与整形修复、分子与遗传等疾病病理为特色的学科，有国家自主创新杰出人才、上海市优秀学术带头人、全国遗传病理学组组长、分子诊断医学常委以及中华医学会病理学会青年委员等一批优秀专家，形成了以1名博士生导师、5名（副）主任医师/技师为核心的良好学科人才梯队，其中医生系列博士学历超过60%，多人有国外著名医疗机构博士后经历。
病理科诊断中心位于黄浦江畔的制造局路院区（南部），同时设有宝山院区（北部）和祝桥院区（东部）两个分中心，以及一家医联体病理科（海南分院）。病理基地病例充足、病种丰富，优势突出，年活检及手术标本量10万余例，术中冰冻2万余例，细胞病理2万余例，分子病理3万余例，能开展包括流式细胞术、一代测序、二代测序、原位杂交、聚合酶链式反应、数字病理、遗传病理、远程病理等所有新技术新项目。
科室以肿瘤精准诊断为核心，依托大数据多组学分析平台和数字化病理系统，结合临床病理形成了多学科协作的诊疗体系，围绕特色学科和优势病种建立了7个病理诊断亚专科，以及分子与遗传病理技术亚专科，并规范了模板化病理报告，部分亚专科病理数质量国内最大；疫情期间参与卞修武院士团队建立了全世界已知范围内病理数据最齐全的首个新冠肺炎病理样本库，研究成果被纳入国家《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第七-九版）》，为一线临床诊治提供最基础最可靠依据。2022年病理科又率先开通特需门诊和海外医疗服务病理门诊，满足患者咨询会诊与检测需求，并实现病理诊断“次日达”。
近三年，病理科在研国家级和省部级等各项课题实现新突破，获批国家自然科学基金重大研究计划及省部级课题26项，项目金额超1000万；以第一单位在Nature Communications、Science Advances等高影响因子期刊发表SCI文章14篇；获发明专利授权16项，成果临床应用转化3项，单项最高转化金额超3000万元；获上海市高价值专利最高荣誉“运营标杆奖”1项、入围百强奖2项、二十强奖1项、上海市发明银奖2项；获上海市医疗器械应用示范项目1项，中国生物工程创新大赛一等奖1项；获2023年度上海三甲医院病理科“科研竞争力排行榜”第二名成绩。
作为国家住培基地和专科基地开展以胜任力为导向的混合式教学新模式，承担各级教学课题6项，通过院系交流的病理课程思政案例系统纳入交大本部《微生物学》课程入选2022年上海市思政课程示范课；培养的两名卓越医师连续两届代表上海市病理学会参加全国病理读图大赛获奖；传播中国知识与育人模式，在上海市科委国际合作“一带一路”项目资助下培养的外籍研究人员部分归国后已破格晋升专业领域教授；基地师资先后获院级优秀指导教师、上海交通大学医学院杰出带教老师等荣誉称号，住院医师获院级优秀住院医师、上海交通大学医学院“荣旭”医学生领导力奖学金、上海交通大学优秀学生干部等荣誉称号。2023年度上海市住院医师规范化培训基地及专科基地年度综合评价中，九院临床病理科基地进入第一梯队，上海市第三名。
“路漫漫其修远兮”。病理科将继续以精准医学、转化医学、整合医学为牵引加强学科建设，注重协同创新和成果转化，主动聚焦人工智能新领域。目前已建立合成生物学、功能性新材料以及单细胞空间分子诊断三大科学平台，拥有多项核心技术和国内外专利，率先提出在体诊断新概念，参加全国颠覆性创新大赛，在空间病理理论与技术创新上处于行业领先地位，以精准诊断赋能临床医学，共筑人类健康共同体。
