出现肩胛骨囊肿时，一般通过手术刮除或者手术切除进行治疗。对于较大的囊肿，局部有明显的骨质破坏，患者可以行囊肿周围的骨骼连同囊肿一同切除，切除后不需要进行植骨。
如果较大的囊肿并没有明显侵犯到正常的结构，可以采用刮除方式祛除囊肿。同时，刮除后可以适当植骨，消灭囊肿的腔隙，达到治疗的目的。肩胛骨囊肿一般在临床上比较少见，患者如果肺部有症状，出现疼痛或者囊肿有逐渐增大的趋势，建议手术治疗行切除或者刮除。一般情况下患者不需要进行手术治疗，只需要逐渐观察即可。