如果骶管囊肿没有明显症状，一般不需要处理，需要定期观察就可以。对于有症状的病人，如果在排除其他脊椎脊柱相关疾病，比如排除椎间盘突出、椎管狭窄、骶管内肿瘤的前提下，就要进行积极手术治疗。
一般情况下，如果骶管囊肿引起腰腿疼痛、间歇性跛行，保守治疗没有明显效果，影响正常的工作、学习和生活可以进行手术。如果骶管囊肿伴有下肢肌力减退、会阴部麻木、大小便功能失禁，也要进行手术治疗。