碳酸钙有时候会引起便秘，特别是颗粒剂。颗粒型的碳酸钙会引起吸收不良，从而引起便秘。碳酸钙还可以引起肾结石、胆结石，特别是泌尿系的结石有可能会加重，所以在泌尿系结石的患者当中，碳酸钙要慎用。
如果必须要使用的时候，要积极监测血钙水平，同时要定期复查肾脏和输尿管的B超，要监测是否有结石的增大。如果有消化不良、消化性溃疡的病人，服用碳酸钙后可能会出现胃肠道反应，有反酸、恶心的情况，出现胃肠道刺激，这个时候要同时积极使用护胃的药物。