唇腭裂是最为高发的一类口腔颌面部先天畸形，唇腭裂分为两大类，一类是综合征型唇腭裂，另一类是非综合征型唇腭裂。综合征型唇腭裂也就是说唇腭裂是一系列先天畸形症状当中的一部分，这一类唇腭裂都有明确的遗传因素，也就是可以找到突变基因。
另外一类是非综合征型唇腭裂，也就是唇腭裂是单发的，并不伴随其它重要器官的先天畸形，这类病例占到临床病例当中的绝大部分，虽然它的发生也存在明显的遗传规律，但是很难找到突变基因，所以认为这一类唇腭裂病因，主要是遗传因素与环境因素相互作用的结果。所谓环境因素就是母体在孕期所接触到的内、外环境，主要包括营养因素，比如营养不均衡、微量元素缺乏，极有可能致畸，再有就是介入了病毒感染，比如得过风疹病毒，这也是明确的致畸因素，内分泌、感染、创伤等因素也都会增加先天性唇腭裂发生的几率。