跖骨短小症是属于常染色体的显性遗传，以第四跖骨短小居多，然后保守效果欠佳，需采用手术的方案进行治疗，它们的术式有两种：一种是将短小的跖骨行椎形截断并延长，进行螺钉固定，同时取自己的髂骨进行移植；另一种就是把短小的跖骨打断，进行外固定的固定，进行骨搬运、骨转移的情况，优点是不留瘢痕，缺点是治疗时间长，需要三个月左右，且花费比较大，这种情况一般发生在脚趾。
如果是男孩存在跖骨短小症，一般不会影响到心理方面的问题，也就可以不处理，如果是女生因为形体上的美，这种情况一定要早期干预、早期治疗，因为属于骨骼方面发育的问题，跖骨短小只能通过手术来治愈骨骼方面的问题。