骶髂关节结核分保守治疗、手术治疗两大类，保守治疗的先要制动让病人有充分的休息时间，然后给病人加强营养，足够的营养支持对于结核的治疗非常重要，再给予标准的抗结核药物治疗。
抗结核药物都是几种药物的联合治疗，也有很多抗结核的方案，比如异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等药物的联合应用，应用这些药物的同时要监测患者的肝肾功能，应该口服保肝药物预防肝功能损害。
如果骶髂关节有化脓性的窦道或者死骨的形成建议应用手术治疗，可以做病灶清除术，必要的时候做骶髂关节的融合。
清创可以分几次，还要多次、彻底的把死骨或者感染病灶清除，必要的时候给予内固定让骶髂完全的制动，是治疗骶髂关节结核很好的方法。