胃食管反流病有一个常见的和潜在的严重后果，就是食管原有的鳞状上皮被化生的柱状上皮增殖所替代，这种情况叫做Barrett食管。这种化生性的上皮有可能进展为腺癌，Barrett食管癌变的危险性，随着反流性食管炎症状持续的时间的延长而增加，所以Barrett食管一般被认为是一种癌前病变。一般来说，Barrett食管演变到食管的腺癌需要经过上皮的化生、异型增生到腺癌三个阶段。