胆汁反流性胃炎的主要的药物治疗包括两大类，一类是胃肠动力的药物。一般来说，促胃肠动力的药物通常是在餐前的半个小时服用，这样能最好地发挥疗效；另一大类是胃黏膜保护剂，例如硫糖铝、铝碳酸镁等等黏膜保护剂，能够在胃的黏膜表面形成覆盖层，从而防止胃酸、胃蛋白酶、胆汁等等对胃黏膜的损伤，这些药物多数是在餐后一小时服用，服用注意避免过多饮水，饮水过多之后，药物受到稀释就难以覆盖的胃黏膜表面，无法构建保护屏障，从而削弱疗效。