肛瘘是肛周脓肿自行破溃和肛周脓肿切开引流后形成的后遗病变。肛瘘的典型症状有：
第一、流脓，肛区见脓性分泌物流出时有时无脓液，一般较少，呈淡黄色。
第二、肛区肿痛，一般肛瘘没有疼痛感，但是当脓液积聚于肛瘘瘘管内，且引流不通畅时，肛区会有局部胀痛感，当脓液流出后肛区胀痛感可以减轻。
第三、肛区肿块，大部分肛瘘患者可在肛缘触及一条索状管道通向肛内，按压管道时会有轻度的疼痛感觉。
第四、肛区瘙痒，肛瘘流出的脓液，刺激肛瘘周边的皮肤，致使肛区皮肤瘙痒和湿疹样改变。
第五、全身症状，一般肛瘘没有全身症状，但是复杂性肛瘘或者是肛瘘迁延日久，常常伴有排便困难、肛门狭窄、身体消瘦、贫血、精神萎靡等症状。肛瘘继发感染时，可有不同程度的体温升高等症状。