伪膜性肠炎患者大便的最主要特征就是腹泻，且大便不成形，腹泻物呈绿色海水样或者黄色蛋花样，多在使用抗生素的4-10天内发生，或者在停止使用抗生素后的1-2周内发生，也可于手术后的5-20天内发生。本病腹泻的程度和次数不一，轻型病例大便每日2-3次，可以在停止使用抗生素后自愈。重型病例有大量的腹泻，每日可达30余次之多，有时候腹泻可以持续4-5周，少数病例可以排出斑块状假膜，血粪少见，腹泻后腹胀可以减轻。
由于大量的腹泻，可以导致出现毒血症，具体表现为心动过速、发热、谵妄以及定向功能障碍，重者可以发生低血压休克、严重的脱水、电解质失衡、代谢性酸中毒、少尿，甚至急性肾功能不全，以致危及生命。大便常规检查可以见到红细胞、白细胞，粪便细菌学分离鉴定有难辨梭状芽孢杆菌，有助于诊断。