宝宝霉菌性肠炎是在应用广谱抗生素治疗疾病过程中出现腹泻症状，或者原有腹泻疾病在治疗过程中反而病情加重，主要临床表现是迁延性或者慢性腹泻，急性起病者较少，大便呈水样，也可以带有黏液或者有脓血，但脓血一般较少。大便次数可多可少，常伴有腹痛不适症状，但多不剧烈，可以忍受。
宝宝霉菌性肠炎可以有腹胀及其它消化不良等临床表现，一般里急后重感、排便不尽感不明显，也没有明显的畏寒、发热等严重的中毒症状。体格检查时可能发现口腔的鹅口疮，多在两侧颊黏膜及咽部出现。