肛瘘的手术费用因病人所处地区和选择医院的不同而有所差异。一般经济发达的地区，比如北京、上海、广州等公立三甲医院费用相对较高，价格昂贵，可能需要2万元左右。包括术前相关检查的费用、手术费用、床费、护理费、换药费等费用。
一般省会级城市三级甲等医院可能需要1万元左右；地市级三级甲等医院可能需要5000元左右；相对，二级医院、一级医院费用低廉便宜，可能需要2千-3千元；但是对于低位肛瘘，如果病人选择门诊手术治疗、进行局部麻醉，费用低了很多，可能需要1千元左右。