脑损伤综合征的直接病因是在大脑发育成熟前，脑部损伤或者发育缺陷，按照时间阶段可分为出生前、围生期和出生后。出生前的因素包括遗传、母体因素、宫内感染等；围生期的因素包括围生期感染、缺血缺氧脑病、早产、病理性黄疸、脑卒中等；出生后的因素包括缺血性脑病、新生儿感染、产伤、中毒等。