碘伏不可以单独用来治疗灰指甲，临床中碘伏主要被用作于消毒杀菌。因为可以杀灭大部分的细菌繁殖体、真菌原虫以及少部分病毒，所以常用作外伤消毒、注射或外科术前局部消毒、医疗器械消毒等，以及病菌感染类疾病的辅助治疗等。
灰指甲通常由红色毛癣菌、絮状表皮癣菌等真菌感染引起，所以碘伏对灰指甲也具有一定的杀菌作用，患病后在医生的指导下刮除萎缩、成屑的病患指甲，然后用3%或5%的碘伏外用涂抹，能够杀灭细菌，抑制真菌的繁殖，起到一定的辅助治疗作用。
但由于甲板较厚，外用药物很难通过甲板完全发挥作用，所以治疗效果有限。治疗灰指甲还需要外用药结合口服药，并坚持疗程治疗，严重需要选择外科手术的治疗方法，拔除患甲。