亚急性甲状腺炎的具体病因尚未明确，可能与遗传易感性和病毒感染有关。亚急性甲状腺炎在发病前，常有明确的上呼吸道感染病史，血清中可以检出柯萨奇病毒、腺病毒、流感病毒等某些病毒抗体滴度上升。亚急性甲状腺炎多在病毒感染后发病，出现甲状腺部位的疼痛、触痛、发热等症状。在病程中，因为甲状腺滤泡细胞破坏，可以出现一过性甲亢的状态，也就是甲亢期。随后在甲状腺滤泡细胞修复完成之前，还会出现甲状腺功能减退期，最终亚急性甲状腺炎可以自行愈合。所以亚急性甲状腺炎是自限性疾病，不留有永久性甲状腺功能减退症。