百日咳的的病原体往往就是百日咳杆菌，而类百日咳的病原体常常是病毒、支原体等，患者的病程可能会比较长，大约3个月才能完全好。
如果病原体不同，选用的药物可能也有区别，对病原体的检查和针对性的治疗是治疗的主要原则和靶向。类百日咳和百日咳的患者在症状上是相似的，都是一些比较顽固的咳嗽，甚至有一些痉挛性的咳嗽，但是类百日咳和百日咳主要的区别就是病原体不同。如果是支原体引起的咳嗽，儿童要应用大环内酯类的药物，成人要应用大环内酯或者喹诺酮类的药物，再辅助镇咳的药物，方能够控制住。百日咳杆菌要用针对百日咳杆菌的药物才能够治疗，病因的治疗是它们最主要的区别。
在患病期间患者要做好个人的护理工作，避免熬夜，恢复期要注意饮食调节，给孩子营造良好的恢复环境，主要是居室要通风、透气，又要防止感受风寒。