治疗肠炎的常用药有西药和中成药，常见药物如下：
一、西药：在溃疡性肠炎的活动期，口服水杨酸偶氮磺吡啶或者口服5-氨基水杨酸微颗粒，还可以口服泼尼松，并逐渐减量。对于直肠病变明显的肠炎患者，可以使用倍他米松或者氢化可的松琥珀酸钠保留灌肠，也可以用水杨酸偶氮磺吡啶、锡类散等药物合并保留灌肠。慢性肠炎患者可以口服硫唑嘌呤或者6-巯基嘌呤，也可以使用环孢菌素A以及免疫增强剂，比如左旋咪唑、干扰素、转移因子、卡介苗、免疫环蛋白制剂等药物。
二、中成药：例如肠炎宁、黄连素、四神丸、参苓白术丸等药物。