肩胛骨刺痛的原因多见于肩胛区肌肉发生劳损等，具体如下：
1、肩胛区肌肉发生劳损：比如长时间伏案工作，或者坐姿不正都可以引起肩胛区肌肉发生损伤，肩胛区肌肉长时间处于负荷状态下，容易出现肌肉的痉挛和无菌性炎症，因此会表现为肩胛区域的疼痛。出现这种情况，一定要改善不良的坐姿，可以使用常规的消炎、去痛、松弛肌肉的治疗方法，局部可以使用热毛巾热敷，也可以使用红外线照射，改善局部的血液循环，加速损伤的修复。
2、其他：肩胛骨区的刺痛，还要考虑其他的问题，比如冠心病心绞痛，有时候会放射到肩胛区域，胆囊炎放射性疼痛也可以到肩胛区域，需要具体到心内科和消化科进行重新评估。