骨囊肿往往是通过手术切除，手术当中可以在骨囊肿处开槽，切除骨囊肿的囊壁将囊内组织彻底刮除干净，同时要进行无水酒精灭活。
要是囊肿较大可以在囊肿处进行植骨治疗，通过植骨来填塞局部的骨缺损，就可以防止病理性骨折，加强骨骼的强度。术后就是进行局部的换药、消毒处理，术后每月定期复查，观察骨囊肿处的愈合情况。