治疗萎缩性胃炎主要有三个方面，
1、停止对胃黏膜的损伤；
2、保护胃黏膜，避免继续受损伤；
3、促进胃酸的分泌。停止损伤需要戒烟、戒酒、戒辣椒，不要吃过烫的食物，避免使用可以损伤胃黏膜的药物，比较常见的有阿司匹林、消炎痛、红霉素等。根治幽门螺旋杆菌选择四联疗法，两种抗生素，一种抑酸剂加一种铋剂，疗程两周。
保护胃黏膜可以选择硫糖铝或者前列腺素E，同时选择促胃肠动力的药以及综合胆汁的药，促胃肠动力是为了避免胆汁反流，常用的是吗丁啉或莫沙必利，综合胆汁选择熊去氧胆酸。还可以选择促进胃酸分泌，平时通过食疗多喝白醋，还有打针剂，比如五肽胃泌素促进胃酸的分泌，保护胃黏膜。