口腔溃疡的治疗以局部治疗为主，主要是消炎、止痛、促进溃疡的愈合，相对应的药物有西瓜霜喷剂、开喉剑喷雾、甲硝唑药膜、口腔溃疡灵、利多卡因凝胶、重组人表皮生长因子凝胶，也可以用康复新液含漱。
对于特别深大的口腔溃疡，这种重型口疮愈合时间会很长，并且疼痛剧烈，患者自行在局部喷涂药物的疗效较差，需要去医院治疗，可以用曲安奈德悬浊液加等量的利多卡因液，每1-2周局部封闭一次。
对于复发频繁且病程较重或长期不愈的溃疡，应该考虑全身治疗，可以口服复合维生素片、匹多莫德等药物，也可以采用中医中药来治疗，比如适量的服用牛黄解毒片和清火栀麦片等药物。