口腔溃疡多以局部治疗为主，局部用药以消炎、止痛、促溃疡愈合为目标，可以选择的药物有桂林西瓜霜喷剂、开喉剑喷雾剂、口腔溃疡灵、甲硝唑药膜、利多卡因凝胶和重组人表皮生长因子凝胶等。
患有口腔溃疡的人常存在维生素和微量元素的缺乏，可以服用维生素B片、维生素C片、铁和锌的制剂。对于特别深大、经久不愈的溃疡，可用曲安奈德悬浊液加等量的利多卡因液局部封闭治疗，每周封闭1-2次。
口腔溃疡患者还多由于身体上火导致的，可以适量服用清火梔麦片和牛黄上清丸等药物，也可以饮用金银花茶、菊花茶、竹叶茶等祛火的茶饮。