小便时疼痛，是指排尿时感到尿道、膀胱、会阴部的疼痛，疼痛可能有轻有重，常为灼烧感，刀割一样，轻的如针扎。引起小便疼痛的病因有很多种，常见有尿道炎、前列腺炎、膀胱炎、尿路结石、肾盂肾炎、膀胱的结核都可能引起。
同时还有一部分是非菌性尿道炎，也是我们说的淋病、性病都有可能会引起。因为你所说的是小男孩，首先还是考虑炎症感染导致的。如果患者排尿时就开始疼痛，并且合并有排尿困难，说明病变大多在尿道可常见，如果排尿的快排完了就是终末时疼痛，并且合并有尿频、尿急，可能病变在膀胱，常见于急性的膀胱炎。
如果排尿在排尿末端疼痛明显，排尿后仍有疼痛或者不排尿也疼的时候，可能病变处于尿道相邻的器官，如膀胱的三角区和前列腺炎均可能出现。如果排尿突然中断，伴有疼痛，或者有尿潴留，可能有膀胱或者是尿路的梗阻。
如果有排尿不畅，伴有胀痛的，其实可能会有前列腺增生，这个多见于老年人，同时排尿有烧灼感、刺痛，多见于急性炎症的刺激。
我个人认为小男孩还是急性炎症可能性大，是膀胱炎或者肾盂肾炎的可能性比较大，这样就需要去正规医院对原发病进行治疗，并且做尿常规及尿培养的检察，确定致病菌之后，根据致病菌选择有效的抗生素进行治疗。
