治疗甲状腺炎的药物需要视情况而定，如果是由于细菌感染引起的化脓性感染性甲状腺炎，并且会导致人体出现上呼吸道感染，则此时治疗甲状腺炎的药物首选抗生素。如果再检查甲状腺指标时，发现其感染的细菌是葡萄球菌，不仅需要切开引流，还需要服用相应的青霉素类，或头孢类的抗生素进行治疗。
如果是亚急性甲状腺炎并伴随着继发上呼吸道感染，导致人体甲状腺滤泡遭到损伤引起发炎肿痛的症状，则在治疗方面应该采用激素类药物，常用于治疗亚急性甲状腺炎的激素类药物是泼尼松，可以有效的缓解由于炎症引发的颈部疼痛症状。如果是慢性淋巴细胞性的甲状腺炎，则需要口服甲状腺素片，以及左甲状腺素钠片进行调理，可以有效的缓解由于慢性淋巴细胞引起的甲状腺炎导致的甲减症状。