药物性肝损伤的治疗首先要停用一切可能会引起肝脏损伤的药物，停用药物之后使用保肝降酶的药物，包括还原型谷胱甘肽、多烯磷脂酰胆碱、异甘草酸镁等进行治疗，一般的肝损伤通过药物治疗之后，都能够逐渐好转。有个别肝损伤比较严重，有肝衰竭，需要使用人工肝治疗，配合血浆和白蛋白治疗，重症的肝脏损伤还需要使用激素治疗。
一般药物性的肝损伤如果伴随胆汁淤积，还需要使用熊去氧胆酸、丁二磺酸腺苷蛋氨酸等治疗胆汁淤积的药物。药物性肝损伤经过治疗好转之后，不能够再使用曾经引起肝脏损伤的药物，可能会加重肝脏损伤。