牙齿根部发黑可能是患有牙颈部龋坏或根面龋坏，治疗上要用牙科高速涡轮钻头，将感染变黑的牙体组织彻底去除干净，再用复合树脂充填窝洞，恢复牙齿形态和颜色。
如果牙齿变黑感染的部位范围很大，波及牙神经，需要做根管治疗后，再行牙冠缺损的修复，如采用烤瓷冠或者全瓷冠修复牙体的缺损。
牙齿根部发黑，还可能是由于死髓牙或者根管治疗之后，没有及时修复牙齿，这时可以在牙体内部封入内漂白剂，提升牙体色调后再用贴面或者全冠修复。
另外，由于牙龈和牙周袋内牙石沉积过多，也会使牙根部发黑，这时需要采用超声洁治的方法去除牙石，使牙根部清洁、干净。