多数情况下腰椎间盘突出微创手术的风险相对较小，现在很多医院开展腰椎间盘突出微创手术较为频繁，手术例数开展的较多，医生均掌握了丰富的手术经验，所以出现各项手术风险的几率大大下降。但是只要进行手术就有风险，不管几率多低，还是有出现的可能。
在进行椎间孔镜治疗腰椎间盘突出的时候，手术可能会影响神经根，在操作的时候可能会引起神经根或脊髓的损伤。若手术当中所选用的生理盐水灌注压过大，也会对脊髓产生压迫，手术当中如果止血不彻底，会引起椎管内出血，术后可能会造成椎管内的血肿，引起脊髓和神经的受压，严重的时候可以造成瘫痪。还有腰椎间盘突出的射频消融手术，如果术中射频消融注射不准确，可能会损伤到神经或脊髓组织，反而会增加神经脊髓的损害，无法缓解突出的症状。