饮水呛咳常见的原因是由于支配咽喉肌的神经受到了损伤，或本身咽喉肌的瘫痪、麻痹所导致。临床上常见的原因有脑干梗死、双侧大脑半球的梗死，如果损伤了双侧的皮质脑干束，脑干梗死损伤疑核及其发出的舌咽、迷走神经等，引起支配咽喉以及吞咽的肌肉出现麻痹无力，最终导致呛咳发生。
在临床上遇到总是呛咳的病人，要注意其有无言语笨拙、肢体无力等症状，需要及时的查头部的CT或者头部的核磁共振，查找到发病病灶以及原因，并进行有针对性的治疗。如针对脑梗死，需要应用抗血小板的药物，应用脑保护剂、改善循环的药物等。针对颅神经损伤导致的呛咳，需要同时加用B族维生素，如维生素B12、维生素B1等进行治疗。