慢性肉芽肿性炎症的治疗方式与患者的原因相关，都是由于患者肉芽肿没能及时正确治疗，而导致的慢性刺激形成炎症。伤口中存在有异物，是容易导致慢性肉芽肿性炎症的，可能是在缝针时没有将异物清理干净，或者消毒过程中带入异物，会导致伤口出现慢性肉芽肿性炎症，这时需要将异物清理出来进行消毒，一般炎症会逐渐消失，对于较大的伤口还需要口服消炎药物如头孢等。
除此之外，细菌感染也会导致患者出现慢性肉芽肿性炎症，这时可以通过对病变组织进行细菌培养和药敏测试，选择适合的抗菌药物进行治疗，由全身炎症引起的慢性肉芽肿性炎，需要用糖皮质激素类药物进行治疗。当慢性肉芽肿性炎症较为严重时，需要直接运用手术进行切除，患者要注意保持伤口的干燥、卫生，以免发生感染。