小脑幕裂孔疝与枕骨大孔疝的根本区别就在于发生疝的位置不同，小脑幕裂孔疝主要是发生在小脑幕切迹，疝的内容物主要是小脑，枕骨大孔的地方发生疝，它主要是在枕骨大孔，疝的内容主要延髓。
另外，发生的机制也不一样，小脑幕裂孔疝主要是当小脑内出现占位，比如有肿瘤的时候造成局部的腔压力增加，形成小脑幕切迹疝。枕骨大孔疝主要是由于整个颅内压增加，造成颅脑向外突出，比如延髓受压、中脑受压会出现生命体征的改变，小脑幕裂孔疝一般要比枕骨大孔疝发生生命体征改变晚。