按照菌落形态，真菌可分为酵母菌和霉菌两大类。而根据真菌入侵组织深浅的不同，临床上把真菌感染分为浅部真菌感染和深部真菌感染。浅部真菌感染，主要指皮肤癣菌，主要侵犯皮肤毛发甲板而引起感染，称为癣，常见的有头癣、手足癣、甲癣、体癣、股癣等。而深部真菌主要是条件致病菌，主要侵犯皮下组织、黏膜内脏神经系统骨骼等，其中以白色念珠菌为主，但近年来非白念也并不少见，比如热带念珠菌、光滑念珠菌等，其他常见的真菌还包括曲霉菌、毛霉菌、隐球菌等。深部真菌感染的主要因素，包括抗生素的滥用，比如大量、长期使用广谱高效抗生素，还有就是激素，以及免疫抑制剂的使用。