腘窝囊肿手术往往是不会有疼痛的，因为手术当中往往是采用腰麻，在麻醉下进行手术。以往腘窝囊肿采取的是开放性手术，手术创伤比较大，术后恢复的时候可能会有切口的疼痛。
现在都使用微创手术，也就是在关节镜下进行腘窝囊肿切除术，关节镜的手术切口仅仅只有0.8-1厘米左右，通过在膝关节周围进行多个手术的入路，就可以将囊肿切除。
由于创伤非常小，术后疼痛也不会很明显，病人恢复得也比较快，对组织损伤也非常小，是主流技术。