萎缩性胃炎的治疗，如果活检黏膜发现的确是萎缩性胃炎，一定要去检测幽门螺杆菌，因为这个细菌，可能是导致萎缩性胃炎的原因之一。根除这个细菌，一般提倡四联疗法，吃两周，根除率在90%多，选择当地地区敏感的抗生素去治疗。
但是，如果已经出现了萎缩性胃炎，根治了幽门螺杆菌，并不能够逆转萎缩性胃炎，只能够预防进一步的加重。根除幽门螺杆菌的时机，最好还是在萎缩之前。
萎缩性胃炎如果出现肠上皮化生，特别是不典型增生的时候，叫做癌前病变。这个时候应该定期去检测胃镜，看看它的病变进展的情况，但是也不用太担心。如果出现低级别上皮内瘤变的时候，应该更加严密的去随访。如果出现高级别上皮内瘤变的时候，就应该进行积极的内镜下的切除。