甲亢术后最危险的并发症应该是手术操作损伤，导致永久性的甲状旁腺功能减退症，还有最常见的就是喉返神经的损伤。甲状旁腺功能减退症会引起血钙降低，血磷升高，可以出现指端以及口周的麻木和刺痛。
手足与面部肌肉可以出现痉挛，严重时可以出现手足的搐搦、癫痫发作，还可以引起白内障、牙齿发育障碍，长期低钙血症可以导致无力、头痛、智力减退，在治疗上只能长期服用钙剂和维生素D。
用药期间要定期复查血钙及尿钙的水平，及时调整剂量，避免发生维生素D过量中毒，避免发生高钙血症。喉返神经损伤则会导致声音嘶哑、失音、呼吸困难。